代谢组学常见问题解析（二）

在代谢组学研究中，我们可能会遇到一些问题。例如，代谢物的相对定量值的单位是什么？为什么在理化实验中物质A的含量明显大于物质B，然而在代谢组数据中物质B的相对含量明显大于物质A的？HMDB鉴定结果中的Superclass、Class和Subclass是什么？针对定性出来的代谢物做KEGG通路注释时，为何需要提供物种信息？代谢物的名称可以在哪些数据库中查找到？PCA得分图中点在圈外，是不是表示结果不好，有什么方法可以改进？这些问题都需要我们深入理解和解答。

首先，代谢物的相对定量值是没有单位的，可以用relative intensity来描述。在理化实验中物质A的含量明显大于物质B，然而在代谢组数据中物质B的相对含量明显大于物质A的，这可能是由于不同物质具有不同的分子结构和性质基团，导致不同物质在质谱的离子化效率、信号响应强度等参数都不尽相同，从而影响了代谢组数据的比较。

其次，HMDB鉴定结果中的Superclass、Class和Subclass是HMDB数据库中的分类。在HMDB数据库中对代谢物进行分类，其中，一级分类是Kingdom，二级分类是Superclass，三级分类是Class，四级分类是Subclass，这四级逐级细化，逐步精确代谢物的分类。例如，HMDB0000032这个代谢物，对应的一级分类是有机物，二级分类是脂质和类脂质物质，三级分类是类固醇和类固醇衍生物，四级分类是胆甾烷类固醇。

再次，针对定性出来的代谢物做KEGG通路注释时，需要提供物种信息，因为KEGG库中收录的物种，通路分析时可以选用该物种进行代谢物通路注释，这样能够剔除一些冗余信息。如果您研究的物种在KEGG数据库中没有收录，也可以选择该物种分类下的模式物种或近缘物种或总库（即不限定物种信息进行注释），也可以进行KEGG pathway分析。

最后，代谢物的名称可以在Pubchem、HMDB、KEGG等数据库中进行查找，可以直接输入代谢物名称或者代谢物在对应数据库中的ID，即可搜索出相关信息。在PCA得分图中，点在圈外可能表示结果不好，但这也取决于图中的其他因素，如主成分和样本分布。改进方法包括使用更复杂的PCA模型、添加更多的主成分或者调整PCA的参数。

用AI画美女，停都停不下来！御姐、甜妹、萝莉，你想要的这里都有，点击立即体验 → 返回搜狐，查看更多